بعد الحرب العالمية الثانية، قام القادة الحلفاء في اليابان بتأسيس وكالة جديدة لمكافحة الإرهاب والعنف في منطقة المحيط الهادئ. تم تجهيز هذه الوكالة بنخبة من النينجا، وكانوا في البداية مسؤولين عن التعامل مع القضايا الداخلية. مع مرور الزمن، نمت هذه الوكالة لتصبح كما هي الآن، حيث تدير أكثر من 20,000 نينجا يعملون في مجموعة متنوعة من الشؤون الداخلية والدولية. واحدٌ من هؤلاء النينجا يُدعى كودو. هذا الفتى في السابعة عشرة من عمره، الذي كان دائمًا معزولًا ومهمشًا في مدرسته الثانوية، اليوم هو على وشك أن يصبح الحامية الأخيرة ضد أي تصاعد محتمل للقتلة الأجانب الذين يهددون طوكيو.